Au plein cœur du dix-septième siècle, deux prêtres portugais se rendent au Japon dans le but de retrouver le père Ferreira, celui qui leur a tout appris et qui est porté disparu. Dans un pays où les chrétiens sont persécutés, ils vont devoir survivre mais également faire perdurer leur foi, malgré les épreuves qui leur sont infligées…